人体微生态、代谢组
研究方法
课题设计
上海市人社局引进国际培训平台
中国创业者实训基地
会议安排
会议时间 | 2019年4月13日至14日 （12 日报到，会议为期2天） |
会议地址 | 上海市杨浦区国定东路200号中国（上海）创业者实训基地1号楼15楼1508室 |
报名方式详见末页，座位有限，未报名直接参会者可能无座位敬请谅解 | |
会议背景
Conference Background
以肠道微生态为代表的人体微生态的研究是当前国际生物医学研究热点，其研究重点在如下两方面，一是人体各部位微生物分布、种类及结构的组成及其动态变化；二是人体微生态与肿瘤、消化系统疾病、免疫系统疾病、代谢系统疾病、神经精神系统疾病、循环系统疾病等重大慢病间的关系研究。过去几年该领域学者取得了诸多突破和重大成果，多篇论文在Nature、Science、Cell、NatureMedicine等顶级期刊发表。国内与人体微生态相关的基金资助数量也呈明显上升趋势，且不乏一些高分SCI文章发表。
然而在具体的研究过程中，由于人体微生态本身的复杂性，其又受饮食习惯、环境影响，与疾病的关系错综复杂，人体微生态研究还处于进一步的攻坚阶段。加之宏基因组学、代谢组学、培养组、转录组学等多种组学技术在该领域的应用，人体微生态相关课题的设计，需要系统性、科学性的考量和设计：我们该如何设计疾病与人体微生态的相关研究？具体实验分组该如何设计？样本如何收集和处理？可以和哪些研究手段进行结合分析？如何分析和应用各种组学研究得出结果？…… 需要了解以上信息，我们在面对自己的课题时，才清楚如何设计课题，如何顺利开展实验。鉴于此我们特别邀请到在此方面经验丰富的专家老师通过两天的会议给您理清相关思路，补充相关知识。
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会议目标
Conference Aim
通过整整两天的学习，了解人体微生态与临床疾病相关研究的实验设计思路及具体研究方法、注意事项，从而可以更加有效的进行人体微生态相关课题的研究。了解最新研究成果，熟悉已知的人体微生态与临床疾病的作用关系；把握相关课题的研究方向及具体操作步骤。
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专家介绍
Professors Introduce
我们聘请了专门从事微生态研究技术服务，国内知名企业的技术总监担任主讲老师，其在微生态、基因检测、代谢组学研究、小鼠疾病模型等方面有着近20年的研究经验。过去7年，专注从事人体微生态相关课题设计、技术咨询、数据解析工作，为上百个临床课题出谋划策，协助发表SCI论文50 余篇， 在人体微生态研究领域具有丰富的经验。我们专门为本次课程精心准备了授课内容，紧跟该领域最新的科研思路及研究方法，已使听众更好地了解人体微生态最新的科研思路及动态。
主讲老师多次应邀为大学、医院、科研单位进行相关主题讲座指导，具有丰富的课题设计和执行经验，并多次受邀在相关学术大会上发言，对微生物多样性、宏基因组、代谢组学、动物模型等相关方向有深刻了解，且具有丰富的授课经验，通过两天的课程一定能让您对人体微生态方面的课题设计及研究执行有更好的理解。
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时间安排
Conference Process
时间 | 课程表 | 介绍 |
第一天 | ||
8:30 ~ 10:00 | 人体微生态概念及其研究意义 | 人体微生态的概念； 人体微生态与疾病的关联； 人体微生态的研究方法发展； 几类典型的人体微生态研究策略及实例； 人体微生态相关文章、课题的趋势统计； |
10:20 ~ 11:30 | 16S扩增子、宏基因组检测方法及常见问题 | 16S/ITS扩增子高通量测序、宏基因组的概念和研究意义； 16S/ITS扩增子高通量测序、宏基因组的检测流程； 16S/ITS扩增子高通量测序、宏基因组的报告解读及意义说明； 粪便/口腔/皮肤/活检组织等各类样本的采集、保存； 16S/ITS扩增子vs 宏基因组 各自的优势和短板，我们该如何选择？ 16S/ITS扩增子&宏基因组结合分析； |
13:00 ~ 15:00 | 人体微生物态常见研究方案解析及案例分析（上） | 人体微生态研究方案设计的注意事项； 常见分组比较方式及案例解析： 疾病组vs健康组；干预前 vs 干预后；地区间差异比较； 不同干预方法间比较； 疾病进程或个体发育中微生态变化及案例解析； |
15:20 ~ 17:00 | 人体微生物态常见研究方案解析及案例分析（下） | 错位的菌群：身体各部位的微生物差异的溯源分析； 各类临床指标与微生态数据的关联分析及注意事项； 微生态研究中常见的统计学方法及可视化解读； 为什么我的菌无法鉴定到“种”：我们该如何分析，如何把麻烦变机遇？ |
第二天 | ||
8:30 ~ 10:00 | 代谢组检测及在微生态研究中的应用 | 代谢组的原理和检测流程； 几种常见的代谢组检测方法原理及特点：GC-MS气相色谱-质谱 /LC-MS液相色谱-质谱 /NMS核磁共振； 非靶向代谢组检测（广筛）及其应用； 代谢物靶向定量检测及其应用：短链脂肪酸，胆汁酸等； 代谢组&微生物组结合研究及案例分析； |
10:20 ~ 11:30 | 微生物的培养和分离：让微生态研究更上一层楼 | 微生物培养、分离技术的概念和现状； 从16S/宏基因组分析到动物实验、机理研究：活捉目标菌株是关键； 细菌的靶向分离：流程及注意事项； 菌株全基因组测序及分析方法； 菌株培养、菌株，细胞混合培养实验及案例分析； 菌株及微生物混合物在动物实验中的应用及案例分析； |
13:00 ~ 15:00 | 核酸检测方法学与微生态临床研究的结合 | 痕量微生物样本检测必须迈过的那些坑； 死菌及活菌检测：老方法的新应用； 抗生素耐药基因检测方法及应用； 老问题、老方法组合、新视角：一篇10万元内花费的Nature文章； |
15:20 ~ 16:30 | 微生态研究的新方向、新思路及展望 | 微生态研究中的“暗物质”：病毒及噬菌体； 宏基因组学助力发现新的抗生素和抗真菌剂； 利用宏基因组技术揭示细菌抗生素耐药性的流行； 人体微生态与免疫系统。 |
Conference Process | |
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报名方式
Registration
【培训时间】2019/4/13-14（12 日报到）
【培训地点】上海市杨浦区国定东路200号中国(上海）创业者实训基地1号楼15楼1508室，交通：地铁10号线五角场站（从地铁5号口至五角场下沉式广场5号出口，通过翔殷路地面至国定东路右转）
【注册费用】2800 元/人，按交费先后顺序安排座次，注册费包含会场、教材、午餐等费用，不含住宿费。
【优惠原则】
1. 老学员、学生（凭学生证）及三人（含）以上团体每人优惠200 元；
2. 五人（含）以上团体每人优惠300 元；
3. 3 月20 日（含）之前缴费每人优惠200 元；
4. 以上优惠可叠加。
5. 必须现场刷公务卡的学员请提前支付宝转1000元作为定金（现场刷卡时退还）。
【报名咨询】
187-0191-8520 陈先伟（手机/微信），400-666-8021 客服热线
住宿：（可自己预订附近酒店，费用自理）
【缴费账号】缴费时请备注您的姓名
方法一：企业银行转账
开户行：招商银行股份有限公司上海杨思支行，户名：上海向裕信息咨询服务中心
银行账号：121915701110706
备注：写明姓名+微生态，以便核实
方法二：支付宝转账
支付宝收款账户：xiangyuabroad@163.com 上海向裕信息咨询服务中心位移
方法三：现场刷卡（支持公务卡）、现金、微信支付
备注：需提前向单位借款的学员可先报名并索取pdf 版邀请函，打印后用于向单位借款。缴费后请将汇款凭据截图或拍照，并发送邮件到xiangyuabroad@163.com 告知详情以备核实。需要现场刷公务卡的学员请报名时备注以便合理安排座次。
【报名方法一：邮件报名】
为保证最快速的给您回复，请按以下格式撰写邮件并发送到指定报名邮箱：xiangyuabroad@163.com。
【报名邮件内容模板】
我想报名参加人体微生态研究方法及课题设计专题会议。
我的信息：
1.姓名：
2.性别：
3.邮箱：
4.手机：
5.发票抬头：（如不确定，先留空）
6.纳税人识别号或统一社会信用代码：（如不确定，先留空）
7.备注：（如多人参加，请将姓名、性别、邮箱、手机在上面分别单独列出，备注中写明一位主要联系人）
【关于报名的说明】
1.请务必发送到指定报名邮箱；
2.报名后加陈先伟老师微信18701918520便于联系咨询；
3.如有任何疑问，也可直接拨打会务组电话400-666-8021 或187-0191-8520（陈老师）。
【报名方法二：微信报名】
将以上邮件报名内容发至微信18701918520（陈先伟老师，微信/手机同号）
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随着生命科学的发展，各类新方法、新技术的不断涌现，对各类生物的研究已从细胞整体和亚细胞的超微结构水平深入到分子水平。为了揭示基因定位、基因表达、基因调控等各种的分子遗传机制，为了实现更精准的基因转移、改变细胞的基因组分等研究，各种分子生物学技术的发展和改进起到了至关重要的作用。我们的生物学及生物医学科研最新技能及技术培训系列课程每半年提供一期，每年两期。旨在让中国的研究员及时保持对最新的生物科研技术及技能进行更新。该期课程主要集中在最新的基因学及分子生物学技术。每一期的课程，我们都将总结分析过去6个月中最重要的最新的生物科研技术及技能或者最实用的最有意义的技术技能改进，并通过原理讲解，步骤分析，实践应用及问题讨论的方式来让学员能够在一个互动的环境中清晰的理解各种技术技能的原理并把握住这些新技术新技能在实际科研工作中的应用方法。
课程目的：该系列课程每半年提供一期，每年两期。旨在将最新的生物科研技术及技能介绍给中国的研究员。该期课程主要集中在最新的基因学及分子生物学技术。在进行最新技能培训时会通过原理讲解，步骤分析，实践应用及问题讨论的方式来让学员能够在一个互动的环境中清晰的理解各种技术技能的原理并把握住在实际实验工作中的应用方法。
课程设置：每一期课程提供20项最前沿的技能培训，共40课时。每一项技术培训课包含两课时，第一课时为原理讲解及步骤分析，第二课时为实践应用介绍及问题讨论。
参考教材：该课程参考教材为当期课程前六个月内各相关科研期刊及科研会议所发表的科研方法介绍。培训开始前各学院将会领取到相关文字，图片及视频材料。
2018年 最新前沿基因学及分子生物学技术培训大纲
第一课：单细胞轨迹比对法测定细胞表达动力
Alignment of single-cell trajectories to compare cellular expression dynamics.
第二课：改进型Ribo-seq识别隐匿基因转译技术
Improved Ribo-seq enables identification of cryptic translation events.
第三课：通过代谢RNA标记和生物化学核苷转化进行RNA动力学检测
RNA dynamics revealed by metabolic RNA labeling and biochemical nucleoside conversions.
第四课：基于杂交链式反应的扩增免疫信号的检测技术
A hybridization-chain-reaction-based method for amplifying immunosignals.
第五课：复杂动物组织的微RNA的细胞类型特异性测序
Cell-type specific sequencing of microRNAs from complex animal tissues.
第六课：单细胞差异表达分析中的偏见，稳健性和可扩展性分析法
Bias, robustness and scalability in single-cell differential expression analysis.
第七课：有利性基因突变的积极选择性扫描法
Identifying the favored mutation in a positive selective sweep.
第八课：基于CRISPR的单细胞分子筛设计法
On the design of CRISPR-based single-cell molecular screens.
第九课：定量映射和超分辨率光学成像法最小化激光显微成像伪像
Quantitative mapping and minimization of super-resolution optical imaging artifacts
第十课：如何利用相互作用组捕获新转录RNA
Capturing the interactome of newly transcribed RNA.
第十一课：活细胞中的RNA-蛋白质相互作用检测
RNA-protein interaction detection in living cells.
第十二课：非编码RNA的破译检测法
Meet some code-breakers of noncoding RNAs.
第十三课：受激发射损耗显微镜技术超分辨显微成像
Stimulated Emission Depletion Microscopy (STED) super-resolved microscopy.
第十四课：通过基于质谱的蛋白质组学检测广泛性细菌蛋白质组氨酸磷酸化
Widespread bacterial protein histidine phosphorylation revealed by mass spectrometry-based proteomics.
第十五课：INSIDER相互作用组学技术：用于基因组研究的结构性相互作用检测技术
Interactome INSIDER: a structural interactome browser for genomic studies.
第十六课：胞外小泡内化受体 (EVIR): 树突状细胞与肿瘤抗原交叉选择的增强嵌合受体技术
EVIR: chimeric receptors that enhance dendritic cell cross-dressing with tumor antigens.
第十七课：延时测序技术：如何通过核苷酸重编码将时间维度添加到RNA测序中
TimeLapse-seq: adding a temporal dimension to RNA sequencing through nucleoside recoding.
第十八课：如何在高度平行的纳米孔阵列上直接进行RNA测序
Highly parallel direct RNA sequencing on an array of nanopores.
第十九课：如何利用网络模块化检测法检测分层基因组折叠
Hierarchical genome folding with network modularity.
第二十课：多色定量共聚焦成像流式细胞检测技术
Multicolor quantitative confocal imaging cytometry.
什么是生物信息学？生物信息学，是试图利用计算机信息技术来研究生命现象和规律，如基因组计划，基因药物的一门多学科交叉技术应用。为什么要应用生物信息学？生物科学 最基本的研究规律就是从观察到某“生物现象”，到探索“现象规律”，其间必然包括数据获取、数据管理、数据分析及现象重复验证等环节。而“实验数据分析”则是人工智能“机器学习”技术的用武之地。近年来, 随着各类高通量生物技术的不断进步及广泛应用, 生命科学跨入了大数据时代。以基因组科学和生物医学领域为代表的生命科学研究产生和积累了海量的数据信息。在此基础上如何有效处理和分析这些生物数据, 给研究人员带来了巨大的挑战。传统的基于文本的数据处理和展示模式已经严重制约了对于生命科学大数据的解读。该项目通过实例讲解生物信息学大数据技术进行大数据研究, 让研究人员能够利用这类技术高效的挖掘出隐藏在大数据里的生物学信息和知识，极大的满足生物学，生物医学应用科研发展的迫切需求。
所谓机器学习就是一种智能的数据挖掘技术，它依据先验的知识建立预测模型来识别大数据中的有用信息。机器学习在生物领域的应用实际上从90年代开始就已经开始了。人工智能机器学习能够在生命科学研究中智能的进行大批量数据分析，在大数据和前期积累的先验知识的基础上对科研结果进行快速准确的分类，以及通过智能算法提出推测性的假设并在后续实验中进行验证。比如早期的基因预测就是基于人工智能加以实现，通过分析基因表达的信息对疾病进展和患者的严重情况（死亡率）进行预测，通过脑成像数据早期诊断阿尔兹海默并对疾病的发展进行预测就是其中的应用场景之一。人工智能机器学习是一个多学科的交叉性应用技术，我们的培训项目不仅仅是要将人工智能中所涉及的基本的数学模型及编程技术进行深入浅出的系统性讲解，还紧密的结合人工智能机器学习在实际生命科研中的应用，使我们的研究人员既要懂得各种原理，也要能够掌握其在实际科学研究中的应用。
